C'est le 14 juillet 1947 qu'une première revue historique évoquant en 14 tableaux les moments forts du passé huninguois est présentée aux milliers de spectateurs accourus dans une ville bien sinistrée par les combats de la Libération.

Cette évocation fait naître le souhait d’un petit musée d’histoire locale. Existait-il encore des documents et objets suffisants pour permettre un tel musée ? Une exposition de documents historiques est organisée le 14 juillet 1950. Les Musées de Bâle, Mulhouse, Strasbourg, les Bibliothèques de Mulhouse, Colmar, la famille Laborde-Barbanègre à Pau, contribuent, par leurs prêts, à assurer le succès de cette manifestation.

Démonstration était faite qu’un musée d’histoire locale est envisageable. Celui-ci est créé dès l’année suivante à la suite d'une circonstance heureuse autant qu’inattendue. Les héritiers du professeur Burckhart-Werthemann désirent céder les collections de plans, gravures et estampes que, de son vivant, le professeur bâlois avait patiemment collectionnées. Parmi cette collection se trouve un ensemble d’une trentaine de gravures et estampes relatives à Huningue. Grâce à la générosité d’amis bâlois, celles-ci sont acquises par un comité provisoire décidé à créer une société d’Histoire et du Musée de Huningue.

Le Musée devint enfin réalité quand la municipalité se déclara prête à mettre provisoirement la salle de séances de la mairie (25, rue Abbatucci) à la disposition du comité fondateur. Il fallait aussi créer l’organisme qui s’occuperait de le gérer et de l’enrichir. Le 1er mai 1951, la Société d’Histoire et du Musée de Huningue et du Canton de Huningue put être constituée. Le comité fut composé comme suit : président Lucien KIECHEL ; vice-président Rodolphe MEYER ; secrétaire-trésorière Madeleine DILLIER ; conservateur Albert MULLER ; assesseurs Arthur HALLER, Henri SCHERER pour Huningue, Erwin LUTTNER, Gotty SUTTER ; pour Bâle Dr VOLTZ, et pour le canton de Huningue, Baron Maurice de REINACH et Georges FORLEN.

Les collections du Musée augmentent aussi grâce aux dons de Albert MULLER, le Dr VOLTZ (Bâle), de la municipalité de Village-Neuf, de Charles GENG et Henri SCHERER, et à des acquisitions faites par la municipalité de Huningue.

Par arrêt municipal du 23 octobre 1951, le musée est classé « musée municipal ». Dès juin 1952, la jeune société d’histoire publie son premier bulletin. Elle organise aussi ses premières conférences qui auront lieu, au début, au premier étage du restaurant Terminus. Ces conférences sur les sujets les plus divers (histoire, culture, voyages, etc...) deviendront au fil des années une véritable tradition !

En 1953 commence aussi le cycle des excursions. Elles aussi deviendront une autre tradition qui se renouvellera chaque année par une sortie au printemps, ainsi qu’une autre à l'automne, emmenant les membres et sympathisants dans un rayon allant de Rastatt au Lac de Constance, de Luxeuil à Verdun et en Bourgogne. Que de sites et de musées visités en France, en Suisse et en Allemagne ! Impossible de les énumérer tous...

Si les premières assemblées générales eurent lieu à Huningue, à partir de 1966, la société a pris l’habitude les tenir alternativement dans une ville ou un village du canton (Leymen, Village-Neuf, Hégenheim, Folgensbourg, Blotzheim, Saint-Louis...).

En 1956, le musée est transféré dans une salle de classe de l’ancienne école de garçons (CACL), avant de s’établir au premier étage de l’ancien presbytère (à côté de l’ancienne église de garnison) où, le 14 juillet 1965, eut lieu l’inauguration des quatre premières salles du nouveau musée. C’est dans ces locaux que le public put découvrir, en 1968 la première fois, la belle copie du plan-relief, réalisée par Gustave WODEY, représentant la forteresse au 18e siècle.

Le 1er mars 1959, la société modifie son nom en « Société d’Histoire et du Musée de la Ville de Huningue ».
En 1979, Huningue fête le tricentenaire de sa fondation. Cette année mémorable voit aussi le transfert du musée dans ses locaux actuels, dans une des ailes du premier étage du bâtiment dit Casino (sis au 6, rue des Boulangers).

En 1986, Lucien KIECHEL ayant désiré se retirer de la présidence, Georges BAUD, principal du collège Gérard de Nerval à Huningue/Village-Neuf, lui succède. Lucien KIECHEL restera conservateur, fonction qu’il gardera jusqu’en 1994, année de son décès.

Le Président Georges BAUD apporte à la société un souffle nouveau. Les collections du musée seront non seulement étoffées par de nouvelles et précieuses acquisitions, mais un soin particulier sera donné à leur présentation, avec l’acquisition de meubles et de mannequins. En 1997, de nouvelles salles peuvent être présentées au public grâce à la collection de costumes et objets du Sundgau offerts au Musée par Suzanne SCHULLER (dès lors membre du comité).

Au printemps 2002, grâce aux travaux engagés par la municipalité, la société ouvre les nouvelles salles de son musée.

Depuis 2004, Paul-Bernard MUNCH préside aux destinées de la société.